Liegen sachliche Mängel in der Buchführung, insbesondere Umsatzverkürzungen vor, dann besteht Schätzungsbefugnis durch die Finanzbehörde. Die Behörde kann aber auch bei nur formellen Mängeln schätzen.
Die Mängel müssen aber so gravierend sein, dass dadurch die Richtigkeit der Bücher und Aufzeichnungen ernsthaft in Zweifel zu ziehen ist. Ein gravierender Mangel besteht etwa darin, dass EDV-geführte Buchhaltungsdaten nicht oder nur unvollständig verfügbar sind oder EDV-Kassensysteme nicht den gesetzlichen Anforderungen entsprechen.
Eine Schätzung darf aber nicht willkürlich erfolgen. Ziel jeder Schätzung muss sein, den wahren Besteuerungsgrundlagen so nah wie möglich zu kommen. Daher muss die Behörde insbesondere die Schätzungsmethode, alle der Schätzung zugrundeliegenden Sachverhaltsannahmen und die Ableitung des Schätzungsergebnisses genau beschreiben und begründen.
Die Höchstgerichte wenden hier strenge Maßstäbe an: Durch den Verwaltungsgerichtshof werden immer wieder Schätzungen der Finanzämter bei Unternehmen verworfen, wenn die Behörde auf die Vorbringen des Abgabepflichtigen nur unzureichend eingeht und die Ableitung des Schätzungsergebnisses nicht logisch genug erfolgt.